1、从理论基础来看，传统催眠要旨是“放松、深呼吸、想像、暗示”，而只通过这样简单的诱导程序，有相当比例的人无法进入催眠状态，或者进入的深度是有限的。
而元式催眠的理论体系则具备一个完整的理论体系，在这个体系里面，有催眠头脑理论，测试，信息加载，信息超载，批判区，问卷等等一系列的概念，其中头脑理论是元式催眠的基础，以头脑模型来描述人的大脑的运作和催眠状态、催眠的机制。并且深入剖析在催眠诱导过程中个案是处于那种暗示感受性类型，这样，就会让催眠师非常明确的知道，催眠诱导究竟需要做些什么。并加以呼应和诱导，从而能够更快的进入催眠状态或进入更深的催眠状态。而在传统催眠里，根本没有这样的概念，更不会做这样的区分。
2、从诱导过程来看，在传统催眠模式中，催眠师往往是直接给予当事人一些命令，要求当事人去做一些行为，比如：要求当事人让手臂漂浮起来、让眼皮粘在一起睁不开、让当事人忘记某个数字或名字、看见幻觉等，而如果当事人做不到，或者因为抗拒而不去做，则表示催眠失败；这基本上是一种卢纶的状态。
而在元式催眠的理论体系里，催眠师的定义只是修道工，打通批判区而已，元式催眠的诱导过程看似很简单，手臂抬起，手指分开，很多催眠师都会用，但是运用的都不规范，国内的催眠师一味的在追求深度，速度，而开发新的手法，但是恰恰是基本的手法，却是好用的，在传统引导手法的基础上元式催眠里有加入信息加载，触发战斗逃跑等等一些理论，以作为下一步诱导的基础。而传统催眠里，根本就没有人注意这些问题。
个案的任何行为反应都是正常的，因为催眠不等于睡眠，催眠状态也不是恍惚不清的状态。这些看似基本的问题，在一些催眠师的手里，却成为悖论。
3、在传统催眠中，有所谓的“敏感度”的概念，认为只有敏感度够好的人，才可以被催眠或进行催眠疗愈。而在元式催眠的理论体系，根本没有敏感度这一说，其实，“敏感度”只是个案对于不同暗示语做出不同的反应而已。
对一群人使用同样的诱导方法，自然只有一小部分人能进入催眠状态，那是正常的。
而在元式催眠的理论体系中，没有敏感度的概念，在此，要求催眠师尊重每个人的独特性，要求催眠师去测试个案对于不同暗示语的反应，配合不同的暗示来提供适合个案反应的暗示，只要催眠师的测试准确，那么每个人都能进入催眠状态，从而进行催眠疗愈或是其他的工作。事实上，每个正常人都能进入到催眠状态，每个人无时无刻不在进行催眠，也无时无刻在体验催眠状态。
4、从催眠诱导的语言结构来看，传统催眠都是直接给予命令，哪怕是那些所谓“温和式”的催眠师，他们的诱导指令也都是直接命令，比如要求当事人让手臂漂浮起来、让眼皮粘在一起睁不开、让当事人忘记某个数字或名字、看见幻觉等，都是直接要求当事人去做，能做出来的也只是元式催眠理论体系里的躯体型的个案，才能对这种暗示起效果，而在元式催眠理论体系里，对于不同的躯体型，情绪型，知识性和梦游型个案，都有对应测试方法和一套严格的问卷调查，针对不同类型的个案，进行不同的暗示语操作，已达到事半功倍和满分的成功率。然而，在传统催眠里，只有催眠语调的区别。
5、在元式催眠的理论体系里，对于催眠状态的区别是非常科学的，包括催眠状态的脑波变化和不同个案的问题，在对应的脑波状态下的解决办法，都是非常科学和严谨的。催眠状态下的脑波和正常状态下的脑波变化，以及各种状态下的脑波，在元式催眠里都有很科学的分辨。所以对于导入个案的催眠状态而言，元式催眠理论体系是非常科学和权威的。
6、在元式催眠的理论体系里，每一句话，每一个字，每一个动作，都是很严谨的，没有一句多余的，没有用处的话，没有一个会让个案感到不舒服，不安全的动作，包括它的后暗示，加深暗示，唤醒暗示，都是有一套标准的，真正的做成一门艺术。
7、在元式催眠的理论体系里，有一个特别好用的工具，叫测试，在正式催眠开始之前，元式催眠的每一个催眠师，每一次面对个案，都要对个案进行测试，这个测试是为了测试个案的类型，以便于真正的了解个案，了解个案的模式，已进行不同的暗示，包括手指分开测试，手轻手重测试，和很严格的一套问卷调查，打分机制。而这些在传统催眠里是没有，传统催眠里有的只是好不好催的敏感度测试而已。
8、另外，在催眠的深度的判断标准上，元式催眠理论体系与传统催眠也存在一些差异。在传统催眠中，一般以眼皮胶粘现象为进入一级催眠的特征，以手臂僵直作为进入第二级催眠的特征，以全身肌肉僵直作为第三级催眠的特征，以数字障碍和痛觉丧失为第四级催眠的特征，以正性幻觉为进入第五级催眠的特征，以负性幻觉为进入第六级催眠的特征。
但在元式催眠理论体系中，不做这样的区分，在元式催眠里没有一些多余的东西，有的只是为了个案，保证催眠，负责任，在元式催眠里，对于催眠深度的区分只是浅度催眠，中度催眠和深度催眠，而且催眠状态是不固定的，是跳跃的，因为有一些个案在出现了六级幻觉时却无法通过眼皮粘黏，对于传统催眠中固定催眠状态来说，是悖论，而在元式催眠理论体系里，对于催眠状态和脑波的科学关系，已然是权威。
9、从疗愈的目的来看，传统催眠模式则大多是以辅助当事人自我觉悟为疗愈目的。传统催眠疗愈的目的是要个案了解问题的本源，以及深藏的内在意思”，疗愈停止时，兴许是病人真正领悟的时候，但问题是，就算觉醒了，而如果他们的潜意识没有足够苏醒，没有去主动发展新的选择和行为，那么还是在敷衍自己，因此，他们还是无法解脱过去的苦楚或不良行为的困扰，还是不能让自己快活。
而元式催眠理论体系是在头脑理论的理论基础上，打通批判区，达到身心合一，意识和潜意识统一为疗愈目标。
而且，在协助个案自我觉悟的过程中，势必会关涉到对过去痛苦经历的回溯，而如果过去的痛苦经历曾给当事人带来过宏大的痛苦，则可能会造成当事人精神瓦解；传统催眠师对当事人进行催眠回溯而导致当事人精神病发生有例子。而在元式催眠理论体系中，很多问题都不需要对当事人进行回溯，而且就算需要回溯，也有一套保证个案安全的措施（如循环疗法。）这样可以确保当事人可以保险、有效地面对过去的痛苦经历，并获得新的反应。
10、从疗愈形式上来看，传统催眠模式是在内容上下功夫，催眠师必需具体了解病人的问题所在，对传统催眠师而言，大部门的病人一坐下来，就详尽且漫长地叙述他们问题的所在，及产生起因，还有这些问题如何地对他们的生涯产生影响，说完之后，在催眠进程中，在当事人的一些关键之处，催眠师还必须在更进一步去懂得当事人所阅历的细节；因而，传统催眠师常常需要清理自己，将当事人倾诉的负面信息肃清掉，免得被当事人的负面信息所催眠了。
而元式催眠理论体系”则是在潜意识和批判区上工作，在大局部情形下，催眠师不需要了解问题内容的细节，只要跟个案一起制定小目标，而不须要太注意他们说他们做什么，但要需要让个案知道他是怎么了，为什么会这样，当打通批判区后，个案即使不需要任何暗示都可以有疗愈的效果这样会防止很多麻烦，而且改变的效果比较好、速度也会比较快。
11、在元式催眠理论体系中的头脑理论都可以直接应用于日常生活沟通中，达到诱导行为反应，改善沟通关系的效果。而传统催眠则一般必须在“催眠椅”上进行仪式化的诱导。当然，除此之外，还有很多细节上的差异。