砧木可以使嫁接树的树体长得高大，也可以使树体长得矮小，同一品种嫁接在不同砧木上，树高和树冠体积会相差数倍；并且对枝条萌发的数量和组成比例、生长物候期以及树体姿态都有明显影响。砧木种子对果树的开始结果时期、坐果率、产量、果实成熟期、色泽，品质以及贮藏能力等都有一定影响。对不良环境条件或某些病虫害具有良好适应能力或抵抗能力的砧木，称抗性砧木。砧木对嫁接树的寿命有很大影响，如石楠作枇杷的砧木，寿命长达80年以上，而共砧仅40-50年。
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