由于水箱内的水温一直保持在高温状态，这样就会使水中的碳氢根与钙、镁等离子相结合，形成不溶于水的碳酸钙和碳酸镁，俗称水碱。然后随着水分的不断蒸发和浓缩，水碱含量不断增加并达到饱和后就形成了水垢。
因此添加含有浓度较高的钙镁离子的纯净水反而会比加入普通自来水更容易形成水垢，因此给水箱添加这种纯净水对抑制水箱水垢的形成完全没有任何作用。
车辆循环水路内水垢的危害
大家都知道，水箱在正常工况下是起散热作用的，但是一旦水箱四周产生水垢，就会大大影响水箱的散热作用。
因为水垢的导热系数很低，仅是铸铁的1/25，黄铜的1/50，形成于缸体衬里及缸盖水道的水垢，使局部区域因散热性变差而温度上升，会导致发动机薄弱部位产生裂纹及缸盖变形。 它还不仅仅使冷却系统散热性能变差，出现局部高温区，恶化润滑条件，使发动机温度升高，加速发动机系统的磨损；还堵塞散热管或冷却系统管路等，大大降低传热效率，使发动机过热直接危害驾驶人员的安全。
人工清理法： 需把水箱拆卸下来，用人工锤、刮、铲等清除水垢；除垢效率低、劳动强度大，不易清除干净，易造成水箱二次损害。
普通水垢清洗剂： 需拆卸水箱，清除不彻底、异味大、腐蚀性强，易造成水箱老化，缩短其使用寿命。 专业水箱除垢剂： 不需拆卸即可清洗，还可在不停车的条件下清洗。
可直接将专用的水垢清洗剂倒入汽车水循环系统中，让其浸泡、怠速循环或行驶20-30分钟后，将水箱及系统内部的除垢剂排放掉，加水反复冲洗干净既可有效清除发动机水循环系统中的水垢、锈、泥及各种有害物质。 虽然清理水垢是有办法，但是车主在平时还是要注意减少水垢的产生，要注意使用防冻液，千万别用普通的水来代替防冻液，因为防冻液除了防冻外，还能减少水箱开锅的现象发生，如用普通水，不能避免开锅不说，水里面的矿物质还会加速水垢的形成。