电子行业洁净室空调除了具有较高的净化空气的能力外，还具有以下几点与舒适性空调明显不同的地方。
气流分布需要很均匀：为维持洁净室室内的高洁净度，必须带走室内所产生的微尘粒子，因此对气流组织有严格的要求。对于1-1000级的洁净室，目前采用上顶棚送风、下地板回风的垂直单向流气流组织形式;对于10000-100000级的洁净室，常采用上顶棚送风、下侧回风日回风的非单向流形式。
恒温恒湿控制精度高：由于电子产品的制造工艺对温湿度变化极为敏感，所以必须将洁净室里的空气参数严格控制在要求的范围内。目前，洁净空调系统普遍采用控制灵活、性能可靠的DDC自控系统，当室内空气参数达不到设计要求时，可通过DDC控制系统来自动调节各个阀门开大或关小，这样就不至于使房间 内温湿度波动太大，影响产品质量和成品率。
新风量大，换气次数高：在电子产品制造过程中需使用有毒的化学品，将产生有毒的废气，必须排出室外。为保持洁净室内正压和满足卫生条件，必须补充大量新风。为了保持高洁净度，洁净室应有较高的换气次数，同时室内的空气流速也不能太大，一般在0.4 m/s以下。
冷负荷大且湿负荷小，热湿比值接近+∞：电子行业的洁净室一般都置于建筑物的中部，虽然通过围护结构的热量较少，但洁净室内工艺设备的发热量相当大，即全年需要排出室内余热量。