为伴有传染病的患者手术时，应建负压洁净手术室。应采取增设排风机等有效手段以调节排风量，使洁净手术室由正压变成负压。手术室净化工程应在洁净区域内用空气负压差来控制气流，吸收有害气体，洁净室内空气。
手术室净化工程要产生负压状态，可通过平衡手术室净化房间的通风系统，让自动排放的空气多于自动提供的空气即可实现。这样就造成通风不平衡，手术室净化房间通风系统不断从手术室净化工程外面吸进空气补充。在一间经过精心设计的负压室里，空气完全通过门下面的一个缝隙(一般大约半英寸高)流入。除该缝隙外，这间手术室净化工程的负压室应该尽可能密封，以防止空气通过各种其它裂缝和缝隙进入，例如窗户四周的各种缝隙，墙上照明设备以及插座等。即使手术室净化车间已经实现了负压条件，这些地方漏进的空气仍可能抵消或者消除手术室净化车间的负压状态。手术室净化工程内的负压值可通过改变通风系统运行或者打开和关闭手术室净化车间的门、走廊门或者窗户而改变。如果已经建立起一种运行结构，应确保妥善关闭负压室以及其它区域的所有门窗，人员需要进入或离开手术室净化工程或区域情况除外。