医院净化手术室的原理是对进入手术室的空气通过过滤使控制室内尘埃含量减少。高效能粒子空气过滤器，具有除去99.97%直径0.3μm以上粒子的能力。虽然病毒体积只有0.01～0.4μm，但空气中的微生物并非只是一个个独立的浮游物，实际上是依附于空气中的尘埃之上。所以，只要空气中直径0.3μm以上的尘埃都能被阻挡，微生物也可以被完全除去。
净化空调系统主要由空气处理器，初、中、高效过滤器，加压风机，回风口及送风口等组成。
密闭性要求高，一般是封闭式无菌手术间。室内所需的设备如壁柜、写字台、观片灯、传呼系统、电源插座盘、送风口、回风口等设在夹墙内，表面平整，不积易灰尘。手术室内的装修必须有利于洁净环境，一定要满足不产生和不吸附尘埃，耐久、耐磨、耐药物，并要易于擦拭消毒的要求。