蔬菜大棚床上土壤消毒是为了防止由土壤病原体引起的侵袭性疾病的发生和发展，特别是连续的蔬菜大棚土壤应加强消毒。目前，常见的消毒方法有药用土壤消毒、熏蒸消毒和药消毒。
(1)蔬菜大棚药物消毒。
药物土壤消毒是将药物土壤与少量土壤充分混合，然后与需要消毒的土壤充分混合，形成药物土壤。播种时，使用2/3的药用土壤作为底土，覆盖1/3的药用土壤，使种子周围有药用土壤。在生产中，70%的五氯硝基苯和65%的代森锌可以以1:1的比例混合，用于消毒。一般来说，这两种药物的用量是每平方米5~8克的床土和15~25克的混土。这种方法对预防和控制蔬菜苗期病害有很好的效果，但对一些蔬菜有抵抗根系生长的作用，比如辣椒。对于这种蔬菜，70%的甲基托布津可以按照药用土壤1:200的比例进行消毒。
(2)蔬菜大棚熏蒸消毒。
熏蒸消毒是用40%福尔马林按1000公斤床土200~300毫升，将30公斤水均匀地喷洒在床土上，充分混合后，将温室封闭2~3天，达到消毒灭菌的目的。
(3)蔬菜大棚药物消毒。
药物消毒是用50%代森锌10克，对水2~4kg，或者用敌克松300倍稀释稀释剂喷洒床上土壤进行消毒灭菌。
