1.进步财务性资金的运用效益。经过专项审计，可以发现和指出资金运用损失浪费的问题，提出高新专项审计建议，促进被专项审计单位加强管理，进步财务性资金的运用效益。
2.经过高新专项审计，全面了解行政事业单位的财务收支规模、来源途径和运用对象，发现行政事业单位财务财务收支活动中存在的违法违纪问题，避免国有资产丢失。
3.为国家微观调控服务。这一作用主要体现在两个方面：首先，确保国家微观调控政策的落实。行政事业单位属于上层建筑范畴，行政机关负有国民经济的行政管理职能，事业单位的事务活动对开展科技、文教等事业，促进国民经济的协调开展具有重要意义。第二，为国家制定微观政策供给依据。经过专项审计，可以掌握行政事业单位财务财务收支活动真实情况，发现微观经济管理中带有普遍性的问题，为国家有关部门制定政策供给可靠的信息。
4.促进廉政建设。目前，干部队伍的糜烂已经成为我国经济和政治生活中亟待解决的问题，经过高新专项审计，可以发现和揭露以权谋私、贪污糜烂等问题，严肃财经法纪，促进党风廉政建设。
