生物燃料与其他燃料的区别主要体现在其来源、可再的生性、环境影响以及燃烧特性等方面。
生物燃料，泛指由生物质组成或萃取的固体、液体或气体燃料，如燃料乙醇和生物柴油，它们可以替代由石油制取的汽油和柴油。生物质是指利用大气、水、土地等通过光合作用而产生的各种有的机体，包括植物、动物和微生物，因此生物燃料是可再的生燃料。相比之下，传统燃料如石油、煤炭和核能则主要来源于化石资源，是不可的再的生的。
在环境影响方面，生物燃料的燃烧释放的二氧化碳量理论上为零，因为其生长过程中吸收的二氧化碳量与其燃烧时释放的二氧化碳量相等。然而，如果生物能源的生长和消耗并不发生在同一时间、同一空间，那么对其的会计核算就难以得到均衡的数据。相比之下，化石燃料的燃烧会增加大气中的二氧化碳浓度，从而加剧全球变暖。
此外，生物燃料的燃烧特性也与其他燃料有所不同。生物质成型燃料不含硫磷，不腐蚀锅炉，发热量大，燃烧后的灰烬是品位好的有的机钾肥，可回收创利。
