由于管板与管子的焊接一般采用手工电弧焊，焊缝形状存在不同程度的缺陷，所以冷却塔一般会受到工业腐蚀。使用时，管板与工业冷却水接触，工业废水中的杂质或其他成分会对管板和焊缝造成腐蚀。
针对冷却塔防腐问题，传统的方法主要是补焊，但补焊容易在管板中产生内应力，难以消除，并可能造成冷却塔管板焊缝再次泄漏。因此，要想有效防止冷却塔的腐蚀，就要从最根本的原材料入手，做好管道的内外防腐防锈工作。
根据壳体材料的不同，可分为：镀锌钢板闭式冷却塔、镀铝锌板闭式冷却塔、不锈钢闭式冷却塔等。
镀锌钢板：可有效防止钢材腐蚀，延长空调压缩机的使用寿命。镀锌钢板(厚度0.4 ~ 1.2 mm)也叫镀锌铁皮，俗称马口铁。镀锌钢板广泛应用于建筑、车辆、家电、日用品等行业。
铝锌合金钢板：耐热性好，能承受300摄氏度以上的高温。镀锌板的耐蚀性主要是因为铝。锌磨损时，铝形成一层致密的氧化铝，阻止耐腐蚀物质进一步腐蚀内部。
不锈钢：不锈耐酸钢的简称。不锈钢耐弱腐蚀性介质，如空气、蒸汽和水或不锈钢。而耐化学腐蚀介质(如酸、碱、盐)的钢种称为耐酸钢。
玻璃钢：质轻坚硬，不导电，性能稳定，机械强度高，耐腐蚀。它可以代替钢制造机器零件、汽车和轮船外壳等。
目前玻璃钢冷却塔广泛应用于对冷却塔防腐要求高的行业，因为玻璃钢材质的冷却塔具有很强的耐腐蚀性、耐高温性和硬度，更适合长期工业使用。然后在管板与管排的焊接处涂防锈漆进行保护，并加入有机酸和杀菌剂进行防腐。
