石蜡包埋切片主要产生一定的蛋白质，产生脂肪和糖，在一般制作时不加考虑，如要观察这些物质，可用特殊的方法将其固定下来。当纯净甲醛在水溶液中溶解时，会自动聚合成长链的多聚甲醛。其长度不一，在水中同时进行聚合与解聚反应。甲醛易溶于脂类物质，因此能穿过细胞膜进入细胞内。用多聚甲醛固定细胞时，能使细胞内石蜡包埋的自由氨基基团发生化学交联。当不同的分子发生交联时，形成一网状结构，把细胞的各个结构成分连接起来。
然后在进行石蜡包埋里面含有一些水分，导致石蜡包埋没法很快融合进组织内部，因此须使用脱水剂将水分除尽，这就是石蜡包埋脱水的作用。
组织块用非石蜡溶剂脱水后必须经过透明。透明剂能同时与脱水剂和石蜡混合，它取代了脱水剂后，石蜡便能顺利地渗入组织。