HE染色，组织学、病理学教学与科研中较基础、使用较为广泛的技术方法之一，常用于组织形态结构的观察。细胞中的细胞核是由酸性物质组成，它与碱性染料（苏木素）的亲和力较强。而细胞浆则相反，它含有碱性物质，和酸性染料（伊红）的亲和力较大。因此细胞或组织切片经苏木素-伊红染色液染色后，细胞核被苏木素染成鲜明的蓝紫色，细胞浆、肌纤维、胶原纤维等呈不同程度的红色。
哪些因素会影响到HE染色结果呢？
1、固定不充分，会直接影响组织HE染色出现泛白现象。
2、组织经过强酸（比如酸脱钙的骨组织）处理，会出现核不着色的现象。
3、组织固定过久，固定液成分里面的甲醛会变成甲酸，破坏细胞核，导致HE染色后细胞核亦不易着色，颜色会与胞浆一致。
4、苏木素染色后分化非常重要，分化不好会影响伊红的着色效果。