PCR操作时对不同类型的标本要做不同的处理，才能满足PCR的操作规程:
1.石蜡切片:用切片机切下数片的石蜡包埋组织片放入1.5ml的离心管，这个过程要注意每个蜡块都要更换新的刀片，根据蜡块组织的大小，切片数要相应的增加或者减少，注意不宜过多。通常加入1ml的二甲苯进行脱蜡，充分混匀后放置30分钟左右，然后低速离心弃掉上清，再加入1ml的二甲苯,混匀放置20分钟，一直到离心管里的切片全部变为透明为止，离心弃上清，然后加入1ml 无水乙醇并充分混匀，放置20分钟(这一步是要去除二甲苯)，离心后弃上清，随后再重复一次无水乙醇及2次75%乙醇的步骤，再次离心后要尽量吸干上清，晾干沉淀物，加入100μl 的 TE 溶解备用。
2.新鲜组织:首先用生理盐水洗2次，然后尽量切碎，加入1ml生理盐水混匀离心后弃上清，再加入100μl的1xTE溶解备用。
3.临床体液:标本包括胸腔积液，腹腔积液，脑脊液，尿液等，可离心取沉淀后备用。
4.血清及全血标本:由于RNA测定时严禁使用肝素抗凝(肝素对PCR扩增有抑制作用且不易在核酸提取的过程中去除)，因此PCR的临床测定中最好使用EDTA 抗凝。抗凝后6小时内分离血浆，血清分离应在2小时内。短期(1~2周)保存于-20℃冰箱中，长期保存应存-70℃冰箱中。