首代生物燃料应用糖、木薯淀粉、食用油或动物脂肪做为由来，应用传统技术生产制造。因其原材料都是食物的来源，因而“食材或是燃料”的争辩变成首代生物颗粒燃料的一个重要难题。
由于首代生物燃料生产很有可能威协粮食作物的供货和物种多样性，因而有之局限。为解决日益持续增长的生物颗粒燃料的需要，开发设计出次代生物颗粒燃料。这种次代生物颗粒燃料生产由来为非食品类农作物或被称之为垃圾的不可以吃的农作物的一部分，比如茎、皮、木渣、水果的皮和起皮等。
据医生介绍，次代生物燃料比首代生物颗粒燃料可以节省更多温室气体的排放，但由于次代生物燃料生产涉及到从木制或化学纤维生物质燃料中获取有益的原材料，所以其生产制造更复杂。
第三代生物燃料是产于藻类植物的燃料。藻类植物能源的生产制造涉及到藻糖的反应。
次代和第三代生物颗粒燃料又被称为生物颗粒燃料。比如现阶段依然在设计阶段的一种更好燃料是酯化能可回收柴油机（HDRD。HDRD的生产原料是早就在冶炼厂提炼出的动物脂肪或食用油。这类燃料可以和原油混和。
