净化厂房施工的设计重点主要在以下几个方面：
1.平面和空间布置：根据实际情况进行洁净厂房的平面、空间布置的规划，进行区域划分，安排好洁净生产区、辅助区、公用动力设施区和人流、物流、一级防火分区、安全疏散等。
2.管道和线路配置：洁净厂房的管线多、专业技术复杂、要求严格，因此设计时需要协调好各专业的管道、线路的布置，做到有序布置。
3.设备配置和自控措施：根据生产需求，配置相应的设备和仪器，并设置自动控制的仪阀门和报警装置以监视和控制现场的生产状况。
4.管理制度和日常维护：建立完善的管理制度以确保各项管理措施的有效实施，加强对设备的检查和维护工作，及时发现并解决设备运行中的问题。
5.节能和环保：做好节能工作，节约能源，降低生产成本，同时关注环保问题，将环保理念贯穿到各个环节中去。
6.安全防护和交叉污染：为保障人员的身体健康和安全，应将一些重要的设备和设施安装于室外或采取必要的隔离措施，同时避免由于人员流动而造成交叉污染。
7.定期检测与评价：对净化车间的各项性能指标定期进行检测与评价以便找出存在的问题并提出改进意见。
8.严格遵守法律法规：根据国家有关法规对于洁净室的设计有明确的规定，净化厂房的设计和施工必须严格遵守这些规定。
总的来说，净化厂房施工设计重点在于平面和空间布置，管道和线路配置，设备配置和自控措施，管理制度和日常维护，节能和环保，安全防护和交叉污染，定期检测与评价以及严格遵守法律法规等方面。