对制药厂各车间压差进行控制，其目的是保证车间在正常工作或平衡暂时受到破坏时，空气都能从洁净度高的区域流向洁净度低的区域，使车间的洁净度不受到污染空气的干扰。车间净化压差控制是制药厂洁净厂房净化空调系统设计的重要环节，是保证洁净区洁净度的重要措施。车间净化压差控制分为3个步骤：
第一步：确定洁净区各车间的压差
净化车间与周围的空间必须维持一定的压差，并应按生产工艺要求决定维持正压差或负压差。在实际车间净化工程中，确定同一洁净区各无尘车间的压差，可以把每个无尘车间的压力与洁净区走廊相比较，以洁净区走廊压力值为基准。确定不同等级洁净区之间的压差，可以先确定低洁净度级别净化车间的正压，再依次提高正压值基数，确定高洁净度级别无尘车间正压。
第二步：确定维持压差的压差风量
车间净化维持正压差的压差风量，需要由室外新风补充。因此无尘车间正压差风量的大小，直接影响到净化空调系统的新风比，以及净化空调系统的耗能量。洁净区各无尘车间维持负压差的压差风量，由该无尘车间外渗入无尘车间，在很多情况下，其是未经净化处理的室外风，因此无尘车间负压差风量的大小，直接关系到负压无尘车间的洁净度。
第三步：维持车间净化压差恒定
一般的情况下，车间净化采取定风量系统的方式较多，即首先保证车间送风量相对恒定，调节车间回风量或排风量，从而控制车间压差风量，维持车间压差值;还可在车间回(排)风支管上安装手动对开多叶调节阀或蝶阀，调节回(排)风量，控制室内压差。其优点是设备简单，有效。
上述车间压差值、压差风量，都只是理论值，需要采取一定的技术措施和设施来实现。在实际车间净化工程中，控制车间压差的方式有多种。在空调系统调试时调好车间内压差的方法，该方法与其它方式配合使用，是目前车间净化工程中常见的控制车间压差的手段之一。