PCR实验室净化工程洁净等级通常分为百级、千级、万级和十万级。
百级净化是指净化后空气中细菌的最高含量不超过每立方来菌落数小于等于3.5个。这种级别的净化主要用于对洁净度要求非常高的实验，如PCR实验室。
千级净化是指净化后空气中细菌的最高含量不超过每立方来菌落数小于等于35个。这种级别的净化主要用于对洁净度要求较高的实验，如细胞培养室等。
万级净化是指净化后空气中细菌的最高含量不超过每立方来菌落数小于等于300个。这种级别的净化主要用于对洁净度有一定要求，但要求不是很高的实验，如实验室等。
十万级净化是指净化后空气中细菌的最高含量不超过每立方来菌落数小于等于3000个。这种级别的净化主要用于对洁净度要求较低的实验，如样品处理室等。
PCR实验室净化工程中，洁净等级的确定需要考虑实验操作过程中可能产生的污染源、实验操作的对象、实验操作的环境等因素。同时，不同洁净等级之间的过渡区和缓冲区的设计也是非常重要的，可以有效减少不同洁净等级之间的交叉污染。