风冷式机组采用空气冷却方式（风扇降温）;水冷机组采用冷却水冷却方式,水泵加冷却塔及循环管路对机组循环降温.因此风冷机组只需风冷冷凝器即风扇即可.而水冷冷水机组需配冷却塔,水泵、循环管路.从结构上水冷要复杂于风冷.
水冷冷库缺点:对于开式冷却循环水系统,由于冷却水吸收热量后,与空气接触,CO2逸入空气中,水中溶解氧和浊度增加,造成冷却循环水系统有4大问题:腐蚀、结垢、菌藻滋生及污泥.如果不对水质进行处理将严重损坏制冷设备,大幅度降低热交换效率,造成能源的浪费.因此,对系统水进行缓蚀、阻垢、杀菌灭藻处理是十分重要的.每年的水处理成本高,效果不可能达到100％的除垢.冷却循环水水质是关键.如果不对水质进行处理将严重损坏制冷设备及效率.
风冷冷库缺点:风冷制冷机组单位制冷量的耗电量略高于水冷机组,但风冷机组的年度综合费用与水冷机组基本持平稍低.技术经济分析结果表明,对于中、小型制冷机组配置风冷冷凝器是合理的.制冷机组年运行时间越长,采用风冷冷凝方式越有利.南方地区用于制冷的机组更适合采用风冷机组,从冷却条件看,南方地区湿球温度高,也对水冷机组不利.水冷机组冷却水补水量的多少是影响其费用的重要因素.
如果是大型冷冻系统建议选用水冷冷库,如果是中小型高温冷库建议用风冷.其实根据实际的所需冷藏的东西和冷库的规模就知道需要选什么制冷系统了.
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