1、首先果蔬保鲜冷库在加工生产和冷库与住宅区区范围内区分不明显。
2、部分果蔬保鲜冷库设备比较陈旧老化，制冷设备老化带病运转现象普遍，比较难对果蔬制冷设备和冷库进行正常的维修及设备及时的更新。
3、对于从业云南果蔬保鲜冷库人员技能操作要求比较方面不严谨，在工作过程中会存在没有相关资质就上岗的现象，造成这个原因多样首先是果鲜保鲜冷库管理人员管理不当，一部分原因是企业的管理者大多数没有从事过制冷专业管理工作不了解其中的弊端，所以难以在果蔬保鲜冷库制冷工作中实施科学管理、维护和保养。
4.部分云南果蔬冷库整体租借给个人经营操作后，出现了重在经营、忽略对制冷操作人员管理，甚至会出现拼设备的现象，通过这些方式更是加重了对果蔬保鲜制冷机器设备以及冷库的损坏。
5.云南果蔬保鲜冷库操作人员在操作技能的缺失，会导致同时也造成了非常多果蔬保鲜冷库冷冻、冷藏企业在制冷改革转制过程中，造成了制冷专业技术人员大量流失，随着果蔬保鲜保鲜冷库在食品制冷加工生产和冷库数量不断增加过程中，造成了云南果蔬保鲜冷库专业制冷人员数量相对不足。
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