一是没有对龙华小产权房的产权保护，没有对房屋的所有、转让、处分、收益等权利，也没有对房屋的产权进行转移登记。
二是购买乡镇产权的小产权房不能办理贷款，只能一次性或分期付款，这样无形中会加大购房者的资金压力，增加买房的风险。
三是小产权房没有国家颁发的产权证书，只有政府或村委会颁发的产权证，无法像大产权房一样抵押、流转。在国家征地或拆迁过程中，购房人的利益难以得到保障。买卖双方签订的购房合同也并非法律认可的正式购房合同，房产发生纠纷，缺乏法律支持。
法律上，《深圳市人民代表大会常务委员会关于处理农村城市化前史留传违法建筑的决议》(以下简称《决议》)也对深圳市前史违法建筑问题作出了明确规定，“因此，深圳市只有‘有居所用’的前史违法建筑，不存在所谓的‘小产权房’。
这次公布征求意见的《处理办法》只涉及工业及公共配套类前史违建，住宅类前史违建不属于处理范围，“我市将继续严厉打击违法建设和非法销售行为，并将按照国家有关房地产市场调控的要求，做好有关工作”。
