1、代码的所有权
小程序定制开发使企业可以拥有代码所有权，不管是小程序开发亦或是开发应用程序，只要是定制开发完成后，企业肯定是能够获得开发项目代码所有权的。以后企业有新的功能需要，就可以直接修改小程序的代码，这样就方便多了，做二次开发很方便，模板小程序一般采取订阅制，商家支付一些费用才可以继续使用，自己无法修改小程序功能和设计的。
2、原始代码
小程序定制开发更能够满足企业的真实需求，小程序的定制开发和软件开发一样。首先一步是要非常详细的、全面的了解企业的具体需求是什么，让客户确认需求计划，确认需求计划和原型图是不是符合企业小程序定制开发的理念，按照原型图进行小程序开发和升级迭代。所以，小程序定制化开发可以符合企业未来的发展要求，而模板小程序会提供一些通用的功能，单独的需求无法开发。
3、降低试错成本
小程序定制开发还有一个好处就是能够帮助企业降低试错成本，如果你开发的是一个应用程序，那么试错的成本少说也有几万，而小程序的试错成本也许还不及应用程序的一小部分。
4、更安全
小程序定制开发的服务器是单独的，小程序的代码、数据以及文档都存储在里面。模板小程序只需要登录账号，服务器公用的。
小程序定制开发的优势大概就要有这些了，可以看出，优势还是非常多的，因此，现在企业需要小程序开发的时候，会根据成本和功能需求去规划小程序开发。