雨季的到来难免会影响到玻璃钢化粪池的正常使用。这时候就需要做好清洁的工作。避免玻璃钢化粪池里的水倒流，造成环境伤害。
虽然玻璃钢化粪池是埋在地下的，但会有井盖等外链设备的。加上雨季多雨。 如果地面的水政工程项目做得不够好。雨水无法顺利地疏通。就会经过井盖进到玻璃钢化粪池里。如果玻璃钢化粪池內部有废水或是废料并未完全溶解的话，会阻塞在玻璃钢化粪池的净化水出水口。原本废水加雨水，容易填满玻璃钢化粪池后造成倒灌。废水大量涌出地面，给生活生产造成不变。
在雨季之前应当对玻璃钢化粪池进行一次维护与维修。检查密封性，管路是否堵塞。 以及在维护保养时清理好里面的废渣。清理完成即可。