1、立案程序
未成年人刑事案件的立案程序中需重点审查其出生的年、月、日，并查清是否达到刑事责任年龄。《公安部规定》第310条规定，公安机关办理未成年人刑事案件时，应当重点査清未成年犯罪嫌疑人实施犯罪行为时是否已满14周岁、16周岁、18周岁的临界年龄。
2、辩护制度
《刑事诉讼法》第278条规定，未成年犯罪嫌疑人、被告人没有委托辩护人的，人民法院、人民检察院、公安机关应当通知法律援助机构指派律师为其提供辩护。根据该条规定，在侦査、起诉、审判阶段，只要未成年犯罪嫌疑人、被告人没有委托辩护人，、检、法机关就有义务通知法律援助机构指定律师为其提供辩护，不论该未成年人是否因经济困难而没有委托辩护人。需要说明的是，判断是否需要通知法律援助机构指定律师是以到案和审判时的年龄为标准，而不是以实施涉嫌犯罪行为时的年龄为标准。
3、适用强制措施
对未成年犯罪嫌疑人、被告人采取强制措施时，要慎重对待，尽量不采用或少采用强制措施。《刑事诉讼法》第280条第一款规定，对未成年犯罪嫌疑人、被告人应当严格限制适用逮捕措施。人民检察院审查批准逮捕和人民法院决定逮捕，应当讯问未成年犯罪嫌疑人、被告人，听取辩护律师的意见。为确保对未成年犯罪嫌疑人、被告人慎用逮捕措施，《高检规则》第487、488条和《人民检察院办理未成年人刑事案件的规定》则对未成年犯罪嫌疑人适用逮捕措施的原则和条件进行了细化。人民检察院办理未成年犯罪嫌疑人审査逮捕案件，应当根据未成年犯罪嫌疑人涉嫌犯罪的事实、主观恶性、有无监护与社会帮教条件等，综合衡量其社会危险性，严格限制适用逮捕措施。对于罪行较轻，具备有效监护条件或者社会帮教措施，没有社会危险性或者社会危险性较小，不逮捕不致妨害诉讼正常进行的未成年犯罪嫌疑人，应当不批准逮捕。对于罪行比较严重，但主观恶性不大，有悔罪表现，具备有效监护条件或者社会帮教措施，具有下列情形之一，不逮捕不致妨害诉讼正常进行的未成年犯罪嫌疑人，可以不批准逮捕:
(1)初次犯罪、过失犯罪的;
(2)犯罪预备、中止、未遂的;
(3)有自首或者立功表现的;
(4)犯罪后如实交代罪行真诚悔罪，积极退赃，尽力减少和赔偿损失，被害人谅解的;
(5)不属于共同犯罪的主犯或者集团犯罪中的首要分子的;
(6)属于已满14周岁不满16周岁的未成年人或者系在校学生的;
(7)其他可以不批准逮捕的情形。
4侦查程序
未成年人刑事案件的侦查程序，除了贯彻上述全面调查原则、保密等原则外，尤其应注意采用与未成年人身心特点相适应的传唤和讯问方法。传唤未成年犯罪嫌疑人、被告人，可以采用较为缓和的方式，比如通过其父母、监护人进行。
《刑事诉讼法》第281条及有关司法解释对讯问未成年犯罪嫌疑人、被告人的程序作了具体规定:在讯问和审判未成年人时，应当通知未成年犯罪嫌疑人、被告人的法定代理人到场。无法通知、法定代理人不能到场或者法定代理人是共犯的，也可以通知未成年犯罪嫌疑人、被告人的其他成年亲属，所在学校、单位、居住地基层组织或者未成年人保护组织的代表到场，并将有关情况记录在案。其他成年亲属，所在学校、单位、居住地基层组织或者未成年人保护组织的代表通常也被称为其他合适成年人。到场的法定代理人可以代为行使未成年犯罪嫌疑人、被告人的诉讼权利，行使时不得侵犯未成年犯罪嫌疑人的合法权益。未成年犯罪嫌疑人明确拒绝法定代理人以外的合适成年人到场，可以准许，但应当另行通知其他合适成年人到场。到场的法定代理人或者其他人员认为办案人员在讯问、审判中侵犯未成年人合法权益的，可以提出意见。讯问笔录、法庭笔录应当交给到场的法定代理人或者其他人员阅读或者向他宣读，并由其在笔录上签字、盖章或者捺指印确认。讯问女性未成年犯罪嫌疑人，应当有女工作人员在场。
5、审查起诉程序
（1）听取意见与讯问未成年人
人民检察院审查起诉未成年犯罪嫌疑人，应当听取其父母或者其他法定代理人、辩护人、未成年被害人及其法定代理人的意见;应当讯问未成年犯罪嫌疑人的，讯问程序同上述侦査程序中的讯问。
(2)安排会见、通话
移送审查起诉的案件具备以下条件之一，且其法定代理人、近亲属等与本案无牵连的，经公安机关同意，检察人员可以安排在押的未成年犯罪嫌疑人与其法定代理人、近亲属等进行会见、通话:(1)案件事实已基本査清，主要证据确实、充分，安排会见、通话不会影响诉讼活动正常进行;
(2)未成年犯罪嫌疑人有认罪、悔罪表现，或者虽尚未认罪、悔罪，但通过会见、通话有可能促使其转化，或者通过会见、通话有利于社会、家庭稳定;
(3)未成年犯罪嫌疑人的法定代理人、近亲属对其犯罪原因、社会危害性以及后果有一定的认识，并能配合司法机关进行教育。在押的未成年犯罪嫌疑人同其法定代理人、近亲属等进行会见、通话时，检察人员应当告知其会见、通话不得有串供或者其他妨碍诉讼的内容。会见、通话时检察人员可以在场。会见、通话结束后，检察人员应当将有关内容及时整理并记录在案。
(3)适用酌定不起诉
人民检察院在审查未成年人刑事案件时，可以依法适用法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉制度。为体现对未成年人的特殊保护，《人民检察院办理未成年人刑事案件的规定》对未成年人刑事案件适用酌定不起诉进行了特别规定，鼓励对未成年人适用酌定不起诉进行审前分流，包括一般应当酌定不起诉和可以酌定不起诉两种情形。一般应当酌定不起诉。对于犯罪情节轻微，具有下列情形之一，依照刑法规定不需
要判处刑罚或者免除刑罚的未成年犯罪嫌疑人，一般应当依法作出酌定不起诉决定:
(1)被胁迫参与犯罪的;
(2)犯罪预备、中止、未遂的;
(3)在共同犯罪中起次要或者辅助作用的;
(4)系又聋又哑的人或者盲人的;
(5)因防卫过当或者紧急避险过当构成犯罪的;
(6)有自首或者立功表现的;
(7)其他依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的情形。
（4）、附条件不起诉
适用附条件不起诉，应同时满足下列四个条件:(1)不满18周岁的未成年人涉嫌实施刑法分则第四章(侵犯公民人身权利、民主权利罪)、第五章(侵犯财产罪)和第六章(妨害社会管理秩序罪)规定的犯罪;(2)根据具体犯罪事实、情节，可能判处1年有期徒刑以下刑罚;(3)犯罪事实清楚，证据确实、充分，符合起诉条件;(4)有悔罪表现的。
6、审判程序
未成年人刑事案件的审判程序，除了贯彻基本方针与原则外，在以下方面还需遵循特殊的程序
1.对未成年人刑事案件决定适用简易程序审理的，人民法院应当征求未成年被告人及其法定代理人、辩护人的意见。上述人员提出异议的，不适用简易程序。
2.《刑事诉讼法》第22条规定，被告人是未成年人的，不适用速裁程序。
3.通知法定代理人或其他合适成年人审判时到场。人民法院审理未成年人刑事案件在讯问和开庭时，应当通知未成年被告人的法定代理人到场。法定代理人无法通知、不能到场或者是共犯的，也可以通知其他合适成年人到场，并将有关情况记录在案。到场的其他人员，除依法行使《刑事诉讼法》第281条第二款规定的权利外，经法庭同意，可以参与对未成年被告人的法庭教育等工作。上述规定同样适用于简易程序和询问未成年被害人、证人。被告人实施被指控的犯罪时不满18周岁，开庭时已满18周岁、不满20周岁的，人民法院开庭时一般应当通知其近亲属到庭。经法庭同意，近亲属可以发表意见。近亲属无法通知、不能到场或者是共犯的，应当记录在案。
7、执行程序
《高法解释》第489条至第495条对未成年罪犯执行程序中的特殊要求进行了规定。
8、未成年人犯罪记录封存
为防止服刑期满、羁押释放的未成年人在复学、升学、就业时受到歧视，帮助其更好地回归社会，《刑法修正案(八)》规定，犯罪的时候不满18周岁被判处5年有期徒刑以下刑罚的人，在入伍、就业的时候，免除其向有关单位报告自己曾受过刑事处罚的义务。《刑事诉讼法》第286条则相应地规定了未成年人犯罪记录封存制度。根据该条规定，犯罪的时候不满18周岁，被判处5年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行査询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。为更好地贯彻未成年人犯罪记录封存制度，有关司法解释对其具体操作进行了细化《高检规则》第503条至第507条和《人民检察院办理未成年人刑事案件的规定》第62条至第66条规定，犯罪的时候不满18周岁，被判处5年有期徒刑以下刑罚的，人民检察院应当在收到人民法院生效判决后，对犯罪记录予以封存。对于二审案件，上级人民检察院封存犯罪记录时，应当通知下级人民检察院对相关犯罪记录予以封存。人民检察院应当将拟封存的未成年人犯罪记录、卷宗等相关材料装订成册，加密保存，不予公开，并建立专门的未成年人犯罪档案库，执行严格的保管制度。司法机关或者有关单位需要查询犯罪记录的，应当向封存犯罪记录的人民检察院提出书面申请，人民检察院应当在7日以内作出是否许可的决定。对被封存犯罪记录的未成年人，符合下列条件之一的，应当对其犯罪记录解除封存:(1)实施新的犯罪，且新罪与封存记录之罪数罪并罚后被决定执行5年有期徒刑以上刑罚的;(2)发现漏罪，且漏罪与封存记录之罪数罪并罚后被决定执行5年有期徒刑以上刑罚的。人民检察院对未成年犯罪嫌疑人作出不起诉决定后，也同样应当对相关记录予以封存。具体程序参照上述规定。
《高法解释》第490条规定，犯罪时不满18周岁，被判处5年有期徒刑以下刑罚以及免除刑事处罚的未成年人的犯罪记录，应当封存。2012年12月31日以前审结的案件符合前述规定的，相关犯罪记录也应当封存。司法机关或者有关单位向人民法院申请查询封存的犯罪记录的，应当提供查询的理由和依据。对查询申请，人民法院应当及时作出是否同意的决定。