在秦美源果脯生产过程中，由于果实种类和质量不同，操作方法也应相应改变，但即使如此，由于经验不足或其他原因也往往会发生不合规格的现象，生产中常出现的问题大体有:
(1)“返砂”和“流汤”现象出现在果脯生产中，由于糖液中还原糖占总糖比率不适，往往引起“返砂”、“流汤”或“返糖”缺陷，这些现象的解决方法请参看“糖液的配制”。
(2)煮烂和干缩现象
在秦美源果脯的加工制作过程中，由于果类品种选择不当、加热温度和时间不准，预处理方法不正确以及浸糖数量不足，会引起煮烂和干缩现象，这些问题的解决方法应在小批量生产基础上，不断加以调整和改进。
(3)褐变问题在果脯生产过程中，褐变现象也是影响产品质量的一个问题。这一问题产生的原因主要有: A)单宁氧化; B)非酶性褐变; C)烘烤条件不正确。避免和解决措施有:A)熏硫处理或用亚硫酸氢钠溶液烫处理;B)热烫处理;C)糖液与果实中的一些蛋白质相互作用会产生一种红褐色的黑蛋白素。这种蛋白素与煮制时间、温度、糖液中含酸量及转化糖含量有直接关系。因此，在达到热烫和煮制目的的前提下，应尽可能缩短时间。D)烘烤而引起的褐变可调了烘烤温度，改善通风条件，这样褐变问题可相应得到解决。
(4)霉烂问题。果脯成品由于吸糖量不足还往往会发生霉菌污染，即发生霉变，其解决办法很简单，一般情况下，成品中总糖含量达68%以上时，任何微生物都难于生存。
煮制秦美源果脯的糖液，用后经过滤、加入适量的淀粉可制成果脯干。
秦美源果脯的生产同其他食品一样，它受着原料、辅料及生产条件等因素的影响，为提高产品质量，确保食品固有的色香味形，应根据不同果品品种特性等具体情况灵活掌握。